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2016年12月17日，國務院辦公廳印發 《關于進一步促進農產品加工業發展的意見》（國辦發〔2016〕93號，以下簡稱《意見》）。
當前，我國農產品加工企業運營成本加大、各種負擔比較重、利潤空間被壓縮，針對這些問題，國辦《意見》在財稅方面提出了一系列政策措施。比如在財政支持上，要求有關支農資金、支持農產品加工業項目，支持農產品加工業公共設施建設等。產地初加工，專項資金扶持農戶和合作社建設貯藏窖、冷藏庫和烘干房。農業綜合開發資金，以財政補貼和貸款貼息的方式支持合作組織和涉農企業發展建設農產品生產基地建設國家扶貧開發資金扶持項目，對貧困地區帶動增收效果明顯的農產品加工企業給予支持。國家現代農業發展資金項目，把支持農產品加工、推動建立一批集優勢產業生產和加工于一體的產業體系作為一項重要內容。
在稅收政策上，擴大農產品增值稅進項稅額核定扣除試點行業范圍，調整完善和明確初加工優惠范圍。農產品加工業增值稅，通過外購農產品進行加工和銷售的企業增值稅稅率由17%下調到13%。
對于農產品深加工企業，將農產品進項稅額扣除率由現行的13%修改為納稅人再銷售時貨物的適用稅率，該項試點在液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油加工行業先行試點后，已下放給各地方稅務部門，豆制品等農產品加工企業可以到地方稅務部門進行核定。
農產品加工業所得稅，企業從事農林牧漁業項目所得可以免征、減征企業所得稅。把農產品初加工作列為所得稅免征范圍。部分進口農產品加工設備免征關稅和增值稅，引進國內不能生產的先進加工生產設備，按有關規定免征進口關稅和進口環節增值稅。
農產品出口退稅，對農產品出口實行與法定退稅率一致的退稅政策，出口退稅率尚未達到法定征稅率的農產品，優先考慮適當提高出口退稅率。
